前回Photoshop CS5.1に戻す事でなんとか対応しましたが、一応Yosemite+CS6で解消できるやり方と思えるものが確認できたので、手順をまとめます。
・キーボードの設定でことえりを全て削除する(ことえり以外のIMEが必須)
・Photoshop CS6を13.0.6にアップデートする
これでU.S.にしなくてもショートカットが利かなくなる事はなくなりました。
ただし、U.S.自体はなければ追加しておく必要はありそうです。
MacOS 10.10 YosemiteにアップグレードしたところPhotoshop CS6のショートカットが利かなくなりました。